Физическое лицо, сдает нежилое и жилое помещения. Какие налоги следует уплатить?

В общем случае доходы, полученные физическими лицами, не являющимися ИП, облагаются только налогом на доходы физических лиц. Когда арендатором является физлицо (не ИП), обязанность по исчислению и уплате НДФЛ возлагается непосредственно на арендодателя-физлицо (п. 1 ст. 228 НК).
Гражданин должен подать декларацию по итогам года и оплатить НДФЛ по ставке 13 процентов не позднее 30 апреля года, следующего за годом, в котором получен соответствующий доход.
Если арендатор является юрлицом или ИП, обязанность удержания налога возлагается на арендатора. Российская компания (или ИП), выплачивающая арендную плату гражданину-непредпринимателю, является налоговым агентом по НДФЛ (письма Минфина РФ от 02.10.2014 № 03-04-05/49525, от 18.09.2013 № 03-04-06/38698). То есть она должна рассчитать НДФЛ с арендной платы, удержать налог при ее выплате и перечислить в бюджет (пп. 1, 4 и 6 ст. 226 НК РФ).
Однако следует учитывать, что отсутствие регистрации физлица в качестве ИП не означает отсутствия фактической предпринимательской деятельности. Согласно разъяснениям КС РФ, изложенным в Постановлении от 27.12.2012 № 34-П, отсутствие государственной регистрации не означает, что деятельность гражданина не может быть квалифицирована в качестве предпринимательской, если по своей сути она фактически является таковой.
Это влечет риски такой квалификации налоговым органом с наложением штрафов и доначислением налогов, как при применении общей системы налогообложения.