Имущественный вычет по рефинансируемому кредиту

Нет, не будет действовать.
Изменения в статью 220 НК РФ были внесены Федеральным законом от 23.07.2013 № 212-ФЗ. В пункте 4 статьи 2 этого ФЗ указано: «Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 4 пункта 1 статьи 220 части второй Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции Федерального закона № 212-ФЗ), в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов на погашение процентов по целевым займам (кредитам), полученным налогоплательщиком до дня вступления в силу Федерального закона № 212-ФЗ (то есть до 01.01.2014), а также на погашение процентов по кредитам, полученным от банков в целях рефинансирования (перекредитования) таких кредитов, предоставляется без учета ограничения, установленного пунктом 4 статьи 220 части второй Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции Федерального закона № 212-ФЗ).
Таким образом, если второй кредит получен от банка, находящегося на территории Российской Федерации, в целях рефинансирования первоначального ипотечного кредита на приобретение на территории Российской Федерации объекта недвижимости, полученного до дня вступления в силу Федерального закона № 212-ФЗ, то есть до 01.01.2014, фактически произведенные налогоплательщиком расходы на погашение процентов по второму кредиту включаются в соответствующий имущественный налоговый вычет так же, как и расходы на погашение процентов по первоначальному ипотечному кредиту, без учета ограничения, установленного пунктом 4 статьи 220 Кодекса (в редакции Федерального закона № 212-ФЗ). То есть в такой ситуации, ограничение в 3 млн. действовать не будет. Такая позиция содержится в письме Минфина России от 27.08.2018 № 03-04-05/60708 (частные разъяснения).