ООО на Упрощенке выставляла счета с НДС

В 2013 году ООО зарегистрировано, как работающее по упрощенной системе налогообложения. По незнанию выставляли счета с НДС с самого начала работы. В 2014 году сдавалась нулевая декларация. В 2015 году сдавалась согласно упрощенке. Налог уплачен также согласно упрощенке. Претензий со стороны налоговой в 2015 году не поступило. С приходом нового бухгалтера (по найму) обнаружилось, что не должны выставлять счета с НДС. Как выйти из сложившейся ситуации максимально безболезненно для организации? Что предпринять на данный момент?